Si entre lo que realizas está el trabajar con video deberás entonces conocer algunas herramientas que te hagan la labor un poco mas sencilla y con WinFF tal vez lo logres.
Es un convertidor de video que trabaja en Linux y Windows y con el cual puedes transformar en modo «batch» a un formato distinto.
No te tengo que repetir los formatos porque manejan los mas característicos. Una buena herramienta.