Una de las herramientas mas interesantes que me he encontrado en materia de PDF es precisamente jPDF Tweak que es nombrado «La Navaja Suiza para Archivos PDF» por la cantidad importante de cosas que puedes realizar con ella.
Puedes lograr por ejemplo hacer manuales con tus archivos, encriptarlos o desencriptarlos o aun firmarlos si es que puedes hacerlo. Lo mas importante es que puedes cambiar el metadata que viene con cada uno de ellos.
No necesitarás nada mas para moverte en ese terreno y es totalmente gratuito.