Oxelon Media Converter es una gran herramienta si lo que necesitas es convertir archivos, trabaja exclusivamente en ambiente Windows y es gratuito por lo que podría ser tu software de cabecera en ese sentido.
Puede ser utilizado tanto para audio o video y los formatos son tantos que sería difícil listarlos aquí. Tiene dos modos de trabajo. Uno automático en el que cada archivo es convertido de acuerdo a los codecs ya establecidos y uno manual en el que Tu tienes una lista de codecs que podrás utilizar a conveniencia.
Lo mejor es que una vez descargado podrás tenerlo en modo nativo con solo hacer click en el lado derecho del ratón para no tener que abrir programas cada vez que lo necesites.
Una de las cosas que mas me llamó la atención es la de poder escoger los tamaños de video una vez que este haya sido convertido y la posibilidad de extraer audio de archivos de video.
Una de las mas completas que he revisado y que me trabajó de maravilla al usarlo extensivamente. No queda mas que recomendarlo.